Фамилия Кафери — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. В русской традиции фамилий на -ов, -ин, -ский не существует, и суффикс -ери указывает на иноязычную основу. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из греческого или южнославянского ареала, возможно, через греческих переселенцев или выходцев с Балкан.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию Кафери с греческим словом «καφές» (кафес) — кофе. В таком случае основатель рода мог быть торговцем кофе, владельцем кофейни или просто получить прозвище за пристрастие к этому напитку. В греческой среде фамилия могла звучать как Каферис или Кафери, а суффикс -и указывает на принадлежность: «сын Кафери». В русском языке при адаптации окончание могли отсечь, оставив форму Кафери как неизменяемую.

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с топонимом. В Греции есть город Кавала, но прямой параллели нет. Однако в турецком языке есть слово «kahve» (кофе), и через османское влияние фамилия могла попасть в греческий или болгарский обиход. В любом случае, корень связан с кофейным делом, а не с географическим названием.

В России фамилия Кафери встречается крайне редко, в основном в крупных городах, куда в XIX–XX веках переселялись греки и южные славяне. Сословная принадлежность носителей чаще всего была купеческой или мещанской — торговля кофе и чаем была типичным занятием для греческих диаспор в Одессе, Таганроге, Ростове-на-Дону.

Словообразовательная модель проста: основа «кафе» (кофе) плюс суффикс -ери, который в греческом языке образует отчества или прозвища. В русском языке фамилия остаётся несклоняемой, что типично для заимствованных фамилий на -и. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Каферин или Кафев, но её форма однозначно указывает на южное, греческое происхождение.