Фамилия Кафеева — яркий пример того, как одна буква может запутать этимологию. На первый взгляд, корень кафе- наводит на мысль о заведении, где подают кофе. Однако в русском языке слово «кофе» закрепилось именно в таком написании, а фамилия Кафеев — это почти всегда результат диалектного произношения или ошибки писаря. Истинная основа здесь — личное имя Кафей, которое является народной формой канонического имени Капитон.

Капитон (от латинского capito — «головастый», «большеголовый») в русской простонародной среде нередко превращался в Кафея или Кафу. Сначала от имени Кафей образовалось отчество Кафеев сын, а затем оно закрепилось как фамилия. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Кафеев, то есть потомок Кафея. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от крестильных имён.

Есть и более редкая, но возможная версия: происхождение от прозвища Кафей, которое могли дать любителю кофе или человеку, торговавшему этим напитком. В пользу этой гипотезы говорит то, что в южных и западных диалектах русского языка слово «кофе» произносили как «кафа». Однако фамилия Кафеев встречается и в регионах, где кофе был редкостью, что делает версию с именем Капитон более универсальной.

Фамилия не относится к числу распространённых. Её носители в основном сосредоточены в центральной России и Поволжье. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки Кафеевых были крестьянами или посадскими людьми, чьи фамилии оформились уже после отмены крепостного права.