Фамилия Кахутин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массы фамилий на -ов/-ев или -ин, образованных от крестильных имён, здесь мы видим суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»), но основа вызывает вопросы. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или именем Кахута.

Что могло означать слово «кахута»? В русских говорах, особенно южных и западных, «кахута» — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Катерина (Екатерина). Такое имя могли дать девушке в семье, а затем прозвище закрепилось за её мужем или детьми: «Кахутин» — сын или потомок Кахуты. Аналогии — Машутин, Дашутин, Грушутин. В этом случае фамилия — чисто русская по модели и не связана с этнонимами или географией.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «кахут» может означать «скала», «утес» или быть вариантом личного имени. Однако суффикс -ин нехарактерен для тюркских фамилий в России (там чаще -ов/-ев), поэтому эта гипотеза слабее. Если предки Кахутиных были из регионов с тюркским населением (Поволжье, Кавказ), фамилия могла возникнуть как русифицированная форма, но без документальных подтверждений это лишь догадка.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду так называемых «матримониальных» фамилий, образованных от женских имён. Это указывает на то, что родоначальником мог быть человек, известный по матери или жене (вдовец, незаконнорожденный или просто живший в доме тёщи). В сословном плане Кахутины, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские фамилии редко образовывались от уменьшительных форм женских имён.

География фамилии сегодня размыта, но единичные носители встречаются в центральной России и на юге. Фамилия не имеет отношения к известным историческим личностям, что делает её типичным примером народной ономастики, где за простой формой стоит бытовая история конкретной семьи.