Фамилия Капутин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин. Такой суффикс указывает на принадлежность: Капутин буквально значит «сын Капуты» или «человек из рода Капуты». Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, но для русской фамильной системы суффикс -ин так же типичен, как и -ов.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Капута. Здесь возможны две версии происхождения, и обе имеют под собой реальную почву. Первая связывает прозвище с диалектным словом «капута» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неловкого человека, иногда простака. Вторая версия отталкивается от глагола «капутить» (портить, губить) или родственного ему «капут» (конец, гибель), пришедшего из немецкого через польское посредство. В этом случае прозвище Капута могли дать человеку с тяжёлым характером или тому, кто часто попадал в неприятности.

Следует отметить, что фамилия Капутин нередко встречается в сибирских и уральских регионах, где диалектная лексика сохранялась дольше. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти носителей прозвища Капута среди крестьян и посадских людей, но конкретные даты и имена без обращения к архивам назвать трудно. Сословно фамилия не была закреплена за дворянством — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая естественным путём.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия Капутин стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Капутинский (с более поздним польско-украинским суффиксом) или Капутов (с суффиксом -ов). Однако именно форма на -ин оказалась наиболее устойчивой в центральных и северных русских говорах, что лишний раз подтверждает: предки носителей фамилии были русскими, а не, скажем, украинцами или белорусами, где преобладала бы модель на -енко или -ук.

Таким образом, фамилия Капутин — это типичное русское родовое именование, возникшее от прозвища, которое характеризовало человека по внешности или поведению. Точное значение корня сегодня восстановить сложно, но ясно одно: фамилия не книжного, а живого, народного происхождения.