Фамилия Капутины образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к предку по имени или прозвищу. В данном случае основа — Капута. Это слово могло быть прозвищем, а не прямым указанием на овощ. В старых говорах «капута» иногда называли человека с большой головой или с характерной причёской, а также нерасторопного, медлительного человека. Вторая версия: Капута — вариант крестильного имени Капитон, которое в просторечии часто сокращали и переиначивали. Имя Капитон (от латинского capito — «головастый») в народной среде легко превращалось в Капуту, а от него пошла фамилия.

Суффикс -ин в фамилии Капутин — не просто грамматический элемент. Он указывает на то, что родоначальник носителей фамилии был известен в своей общине именно как Капута. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В южных и западных регионах чаще встречались фамилии на -енко, -ук, -ский, поэтому Капутины — скорее всего, выходцы из северных или среднерусских земель.

Интересно, что фамилия Капутин — самобытный памятник славянской культуры, но её носители могли принадлежать к разным сословиям. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с похожими прозвищами. Например, в переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний фиксировались «Капутины» — это говорит о бытовании фамилии именно на Русском Севере, где прозвища из бытовой лексики особенно ценились за точность.

Сейчас фамилия Капутин встречается нечасто, но её носители могут по праву гордиться фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении индивида. Однако окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Капутин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, ведь процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности.