Фамилия Капутова — женская форма фамилии Капутов, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. В русском языке сразу вспоминается немецкое «капут» (конец, гибель), но это ложный след: фамилия имеет совершенно другую природу и не связана с крахом или разрушением.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Капут. Скорее всего, оно восходит к диалектному глаголу «капутить» — в ряде южнорусских и украинских говоров это означало «резать, крошить, рубить». Соответственно, Капутом могли прозвать мясника, лесоруба или просто человека с резкими, рубящими движениями. Вторая версия, менее вероятная, но имеющая место в ономастике: Капут — вариант имени Капитон (народная форма Капон, Капут), которое в просторечии сокращалось до Капа. В таком случае фамилия — отчество от уменьшительной формы канонического имени.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: «чей?» — Капутов, то есть сын или потомок Капута. Фамилия редкая, нечастотная, что говорит о её локальном бытовании. Географически её следы тянутся к югу России и востоку Украины — к областям, где слово «капутить» было в ходу. Встречается она также в казачьих родах, где прозвища были особенно живучи.

Таким образом, Капутова — фамилия-прозвище по занятию или черте характера предка, образованная по стандартной отческой модели. Никакого «конца» или «гибели» в ней нет, зато есть связь с ремеслом и народной речью.