Фамилия Карпутова — женская форма, а её мужской вариант Карпутов. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Карпут, а оно, скорее всего, связано с именем Карп. Имя Карп в русской традиции известно давно, оно церковное, греческого происхождения (от karpos — «плод»). Но фамилия образовалась не напрямую от канонического Карп, а через уменьшительно-ласкательный суффикс -ут. Такие суффиксы (как -ут, -юта, -ута) в русских говорах придавали имени оттенок ласки или, наоборот, ироничной фамильярности. В результате Карп превратился в Карпута — так могли называть в семье или в деревне человека по имени Карп, возможно, ребёнка или младшего родственника.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «карпута». В некоторых южнорусских говорах так могли называть коренастого, приземистого человека или, наоборот, угрюмого, неразговорчивого (сравните с «карпеть» — упрямо молчать). Если это так, то прозвище описывало внешность или характер, а уже от него пошла фамилия.

Суффикс -ов в конце указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Карпутов», то есть сын, потомок Карпуты. Фамилия довольно редкая, её географическое распространение, по доступным данным, тяготеет к центральным и южным областям России, где имя Карп было особенно популярно в крестьянской среде до середины XIX века. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская — дворянские роды с такой основой практически не встречаются. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Карпов, Карпухин, Карпушкин. Карпутов стоит в этом ряду особняком именно из-за редкого суффикса -ут, который не так часто переходил в фамилии, чаще оставаясь в бытовых прозвищах.