Фамилия Карпутина — один из тех случаев, когда женская форма (на -а) закрепилась в качестве основной, хотя чаще всего такие фамилии указывают на принадлежность к мужу или отцу. В основе лежит мужская фамилия Карпутин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Карпута.

Корень здесь — Карп. Это не рыба (хотя и такое прозвище было возможно, если человек торговал карпом или ловил его), а прежде всего каноническое крестильное имя Карп. В святцы оно попало из греческого языка, где означало «плод». Имя было распространено в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южных губерниях России. От него пошли десятки фамилий: Карпов, Карпухин, Карпенко, Карпинский.

Но Карпутина стоит особняком. Суффикс -ут- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Он характерен для прозвищных форм: Карпута — это не просто «сын Карпа», а скорее человек, которого так дразнили или называли в обиходе. Уменьшительно-пренебрежительный оттенок суффикса -ут- (сравните: «толстута», «горбута») мог указывать на какую-то внешнюю или поведенческую черту носителя прозвища. Иными словами, первый Карпута — это либо «маленький Карп», либо «Карп с изъяном» (в шутку, без злого умысла), либо просто человек, которого в семье звали не полным именем, а домашним, чуть грубоватым вариантом.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ин (в женском роде -ина) был основным показателем принадлежности. Карпутина — буквально «жена или дочь Карпуты». Со временем, в XIX–XX веках, женская форма могла закрепиться за всей семьёй, если в документах записали вдову или если в роду преобладали женщины. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье (Нижегородская, Кировская области) и на Урале — там, где имя Карп было особенно ходовым.

Сравните с однокоренными: Карпухин (от Карпуха, более ласковый вариант), Карпушин (от Карпуша). Карпутина звучит архаичнее, грубее — и в этом её историческая ценность. Она сохранила ту самую народную словообразовательную модель, которая почти исчезла из живого языка, но осталась в фамилиях как метка давнего быта и простонародной речи.