Фамилия Карпутенко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель («на -енко») в XVI–XVII веках была самой распространённой на Левобережной и Степной Украине: она буквально означала «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Если разобрать фамилию на части, основа «Карпут» — это производная форма от имени Карп.

Имя Карп пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка (καρπός — «плод»). В народной среде оно быстро обросло уменьшительными и обиходными вариантами: Карпуня, Карпуха, Карпуша и, наконец, Карпута. Это ласкательная или пренебрежительная форма вроде «маленький Карп» или «Карпёнок». Именно от неё пошла фамилия Карпутенко, то есть «внук или сын Карпуты».

Интересно, что в украинской ономастике параллельно существует и фамилия Карпенко — от прямой основы «Карп». Карпутенко же стоит в ряду более редких «двухступенчатых» производных: сначала имя уменьшили (Карп → Карпута), а потом добавили фамильный суффикc. Это сразу указывает на то, что носитель фамилии происходит из региона, где такая словообразовательная цепочка была в ходу, — скорее всего, из центральных или восточных областей Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина).

Версия о том, что в основе лежит прозвище от диалектного глагола «карпутати» (ковылять, ходить с трудом), маловероятна: таких глагольных корней с суффиксом -ут- в украинском языке почти нет, а имя Карп было настолько распространено, что объяснять фамилию через редкое прозвище излишне.

В социальном плане фамилии на -енко в XVIII–XIX веках были типичны для казацкой старшины, мещан и крестьян; дворянство среди Карпутенко не фиксируется. Это фамилия свободных людей, а не крепостных, что косвенно подтверждает её происхождение из казачьих земель. Сегодня Карпутенко — фамилия нечастая, но вполне узнаваемая: её носители встречаются в России (особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, куда шла миграция с Украины), на Украине и в Беларуси.