Фамилия Карпутиина — вариант, скорее всего, женский по форме (отвечает на вопрос «чья?»), образованный от мужской фамилии Карпутин или Карпутиин. В русской традиции фамилии на -ин/-ын обычно указывают на принадлежность: «сын такого-то» или «из семьи такого-то». В данном случае основа — Карпута или Карпутий, а суффикс -ин добавляет значение «чей?» — то есть «сын Карпуты».

Корень фамилии восходит к каноническому имени Карп. Это греческое имя, означающее «плод», и в православных святцах оно известно благодаря святому Карпу, апостолу от семидесяти. В народной речи имя Карп часто обрастало уменьшительными и прозвищными формами: Карпута, Карпуня, Карпуша. Фамилия Карпутиин могла возникнуть от прозвища Карпута — так в некоторых говорах называли человека с именем Карп, а суффикс -ут- придавал оттенок уменьшительности или просторечности.

Интересная деталь: форма с двумя «и» — Карпутиина — встречается редко. Обычно такие фамилии пишутся через одно «и»: Карпутин. Двойное «и» может указывать на диалектное произношение или на то, что фамилия образована от полной формы имени Карпутий (редкий вариант имени Карп, встречавшийся в старых документах). В таком случае Карпутиин — «сын Карпутия». Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где имя Карп было особенно распространено среди крестьян и мещан.

Сословно предки носителей фамилии скорее всего были крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ин в массе своей закрепились за непривилегированными слоями населения в XVI–XVII веках. Дворянские роды с таким окончанием встречаются, но редко и обычно имеют другую основу. В случае Карпутиина никаких следов в родословных книгах нет — это типичная «бытовая» фамилия, возникшая в среде, где имя Карп было обычным, а прозвище Карпута — понятным без пояснений.