Фамилия Капутов — редкая и неоднозначная, и её значение напрямую зависит от того, какой язык считать исходным. Самое простое и лежащее на поверхности объяснение — от немецкого слова kaputt (сломанный, разбитый, испорченный). В русском языке это слово закрепилось как жаргонное «капут» в значении «конец, гибель, крах». Если фамилия образована от этого корня, то прозвище Капут мог получить либо человек с несчастливой судьбой, либо тот, кто занимался починкой сломанных вещей, либо, что вероятнее, мастер, работавший с боем посуды или бракованным товаром. В среде ремесленников и торговцев прозвище по характеру работы — обычное дело.

Однако есть и другая, более глубокая версия, связанная с тюркскими языками. В них корень «капут» или «кабут» мог означать «закрытый», «запертый», а также «сосуд», «мешок» или «вместилище». В этом случае прозвище Капут могло относиться к человеку замкнутому, необщительному, либо, напротив, к торговцу, имевшему дело с мешками или ёмкостями — например, к кожевнику или бондарю. Тюркская версия правдоподобна ещё и потому, что многие русские фамилии, оканчивающиеся на «-утов», имеют именно тюркские корни (сравните с фамилией Мамутов от арабского «мамут» — защищённый).

С точки зрения словообразования, фамилия построена по стандартной русской модели: к основе «Капут» добавлен патронимический суффикс «-ов», означающий принадлежность («сын Капута»). Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под прозвищем Капут, а не нёс фамилию изначально.

Спор между немецкой и тюркской версиями решается через географию. Фамилия Капутов встречается преимущественно в южных регионах России и на Северном Кавказе, где сильны тюркские языковые влияния. Немецкое слово kaputt пришло в русский язык поздно, в XIX веке, и вряд ли стало бы основой для массового прозвища в крестьянской среде. Поэтому тюркская версия выглядит исторически более весомой: предок Капутов, скорее всего, жил в регионе с тюркским населением и получил прозвище по занятию или черте характера, которое позже закрепилось как фамилия.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет — Капутов стоит особняком. Это не вариант фамилии Капустин (от капусты) и не искажение от Капустинский. Редкость и нестандартность корня делают эту фамилию ярким примером того, как история слова может вести в разные стороны, и выбор между «концом» и «сосудом» решает только происхождение конкретной семьи.