Фамилия Калайджян — армянская, образована от прозвища по тюркской модели. Она составная: первая часть восходит к тюркскому «kalay» (олово, а также «обманчивая внешность»), вторая — к «dzhan» (душа). Такая двухкорневая структура характерна для прозвищ, которые давали человеку по его внутреннему качеству.

Скорее всего, прозвище Калайджян описывало характер: мужественного, стойкого человека с сильным духом. Однако у слова «kalay» есть и второе значение — «обманчивая внешность», поэтому не исключено, что так могли прозвать и нечестного на руку дельца, скрытного или двуличного. Оба смысла — «оловянная душа» (крепкая, как металл) и «обманчивая душа» — возможны, но первая версия правдоподобнее: в тюркской и армянской ономастике прозвища с корнем «душа» обычно подчёркивают положительные черты.

Фамилия образована по армянской модели с суффиксом -ян, который означает принадлежность к роду или клану. В армянской традиции «азганун» (фамилия) буквально переводится как «имя клана» — Калайджян, соответственно, означает «из рода Калайджа» (носителя прозвища). Географически фамилия встречается в среде армян, исторически живших в регионах с тюркским влиянием (Западная Армения, Крым, Нагорный Карабах), что объясняет тюркскую основу.

Других версий происхождения нет — корень «калай» в значении «олово» не даёт оснований для альтернативных гипотез. Фамилия редкая, в массовых справочниках (словари Б. Унбегауна, В. Никонова) не фигурирует, так как они посвящены в основном русским фамилиям. Её анализ опирается на общие принципы армянской антропонимики и тюркскую лексику.