Фамилия Калига — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, напрямую связано с конкретным предметом обуви. В старину «калигой» называли сапог или башмак, чаще всего грубой работы, сшитый из сыромятной кожи. Слово это — древнее заимствование из латыни (caliga — солдатский сапог), которое пришло в русский язык, скорее всего, через греческое посредничество. В древнерусских текстах «калиги» упоминаются как обувь простолюдинов и монахов, в отличие от более нарядных «сапогов» и «черевьев».

Прозвище Калига могли дать сапожнику, который шил такую обувь, или человеку, который постоянно ходил в грубых, стоптанных калигах — возможно, крестьянину или пастуху, чья работа быстро изнашивала обувь. Вторая, менее очевидная версия, отсылает к переносному значению: в некоторых говорах «калигой» называли неуклюжего, медлительного человека — того, кто «тяжел на ногу». Однако прямая ремесленная версия выглядит убедительнее, поскольку прозвища по профессии — один из самых частых источников русских фамилий.

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «нулевой» модели: прозвище Калига просто закрепилось за потомками. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. В северных и центральных областях России такое прозвище, скорее всего, оформилось бы суффиксом -ов (Калигов) или -ин (Калигин). Написание с одним «л» — нормативное, хотя в дореволюционных метриках можно встретить вариант «Каллига» под влиянием церковнославянской традиции.

Фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда». Чаще всего её носителей можно встретить на западе России, в Смоленской, Брянской областях, а также на Украине — в Черниговской и Киевской губерниях. Это вполне согласуется с ареалом бытования бессуффиксных фамилий. В словарях фамилия не зафиксирована у дворянских родов — её корни однозначно крестьянские или мещанские.

Родственные фамилии — Калигин, Калигов, Калижников (от «калижник» — сапожник, шьющий калиги). Любопытно, что в польском языке есть фамилия Kaliga, но там она часто восходит к латинскому слову «caliga» в значении «штиблет» и могла быть прозвищем щёголя — смысл почти противоположный русскому.