Фамилия Калиника — редкий случай, когда фамилия целиком совпадает с полной формой крестильного имени. В русской традиции фамилии на -а обычно получали из прозвищ или из женских имён, но здесь основа — мужское каноническое имя Каллиник (греч. Kallinikos — «добрый победитель», от kallos — «красота» и nike — «победа»). Фамилию образовали напрямую от имени, без типичных суффиксов -ов, -ев или -ин, что указывает на её позднее происхождение и, скорее всего, на украинское или южнорусское бытование.

В украинской и белорусской ономастике фамилии на -а встречаются чаще, чем в великорусской: там имя Калиника могло стать фамилией без изменений, как, например, Варфоломей или Дорош. В России же носители фамилии Калиника — это, вероятно, потомки выходцев с территории современной Украины или южных губерний. Другая, менее вероятная версия: фамилия могла закрепиться за семьями, где отца звали Калиник, а в документах записали просто «Калиника» — по принципу «чей?» (ср. фамилии типа Гаврила, Данила, но там чаще суффикс -ин).

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия Калиника не упоминается — это говорит о её редкости и локальном распространении. Вероятно, она возникла в среде духовенства или крестьянства, где имя Каллиник было в ходу: в святцах оно встречается, и день памяти (29 апреля по старому стилю) приходился на время весенних полевых работ, что могло сделать имя популярным в аграрных регионах.

Фамилия звучит необычно для современного уха, но её корень ясен: предок нёс имя, означавшее «красивый победитель». Никакой другой семантики — ни прозвищной, ни профессиональной — за ней не стоит. Если искать аналоги, то ближе всего фамилии Каллиников, Каллинин, Калинин — но они образованы с суффиксами, а Калиника сохранила первоначальное звучание.