Фамилия Калиник образована напрямую от личного имени, а не от названия кустарника. В её основе лежит крестильное мужское имя Каллиник, которое пришло на Русь из Византии вместе с православием. Греческое слово καλλίνικος (kallinikos) составлено из двух частей: kallos — «добрый, прекрасный» и nike — «победа». В сумме имя означает «добрый победитель» или «несущий прекрасную победу». Упрощение двойной «л» в «Калиник» — обычное дело для русской народной традиции: двойные согласные в бытовой речи и документах часто редуцировались, так произносить было легче.

В святцах имя встречается в форме Каллиник, и память нескольких святых с этим именем отмечается церковью. На Руси мальчика могли назвать Калиником в честь святого, а в быту имя быстро потеряло вторую «л». Фамилии на -ов, -ин образовывали от полной формы имени: Калиник → Калиников или Калиникин, а Калиник — это усечённый, разговорный вариант, который и закрепился как фамилия.

Есть и вторая, менее правдоподобная версия: связь с названием ягоды «калина». Сторонники этой гипотезы считают, что фамилия могла произойти от мирского имени Калина, которое давали по названию растения. Однако в ономастике принято считать, что фамилии с суффиксом -ик, -ник чаще указывают на прямое заимствование из календарных имён, а не из названий растений. Фамилии вроде Калинин, Калинкин действительно связаны с калиной, но Калиник стоит особняком: суффикс -ик здесь — часть основы, а не уменьшительный формант. Поэтому версия с греческим именем выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии невысокая, она распространена в центральных областях России, на Украине и в Беларуси — там, где было сильно влияние православной традиции именования. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических фигур, но в церковной среде имя Калиник встречалось у священников, что косвенно указывает на возможное происхождение рода из духовного сословия.