Фамилия Калиникин образована от имени или прозвища Калиника, а вокруг происхождения этого имени существует два основных мнения. Первая версия связывает его с крестильным мужским именем Каллиник. Оно пришло из греческого языка, где «kallos» означает «добрый», а «nike» — «победа». Вместе имя трактуется как «добрый победитель». Вторая версия — мирская, дохристианская. Согласно ей, имя Калиника произошло от названия растения калина. Родители могли назвать ребенка Калиникой, чтобы природа воспринимала его как своего и передала ему полезные качества, которыми, по народным представлениям, наделена калина.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Калиник- добавили суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на родство: Калиникин буквально означает «сын Калиники» или «потомок Калиники». В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Интересно, что обе версии происхождения имени-основы — и книжная (от греческого Каллиник), и народная (от калины) — имеют право на существование. В быту церковное имя Каллиник часто искажалось и упрощалось до формы Калиника, что и дало начало фамилии. При этом в некоторых регионах России, особенно в северных и центральных губерниях, мирские имена от названий растений были широко распространены, поэтому не исключено, что предок носителя фамилии Калиникин получил своё прозвище от калины.

Фамилия встречается преимущественно в центральной части России и в Поволжье. Поскольку в основе лежит имя, а не прозвище по профессии, фамилия не указывает на конкретное ремесло предка. Однако, как и многие фамилии на -ин, она могла принадлежать человеку из крестьянской или мещанской среды, где фамилии часто закреплялись по отцу или деду.