Фамилия Калиникова — одна из тех, что сразу выдают своё церковное происхождение, но с интересным сдвигом ударения. В основе лежит крестильное имя Калиник (от греческого καλλίνικος — «добрый победитель»). В святцах оно известно, но в народном обиходе встречалось реже, чем, скажем, Иван или Пётр. Форма на -ов указывает на принадлежность: Калиников — сын Калиника. Однако женский вариант Калиникова, который мы разбираем, исторически закрепился за женщинами, а в современном употреблении стал фамилией, передаваемой по наследству.

Суффикс -ов здесь типичен для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда массово образовывались отчества-фамилии. Но примечательна орфография: в фамилии пишется два «и» — Калиникова, а не Калинкова. Это не ошибка, а следствие полной формы имени. В быту имя Калиник часто сокращалось до Калина, что породило отдельные фамилии Калинин, Калинов, Калинкин. Калиникова же — более книжный, «правильный» вариант, который мог закрепиться в семьях духовенства или грамотных приказных людей, где следили за точностью записи.

Географически фамилия рассредоточена, но заметные очаги встречаются в центральных и южных регионах России — там, где в приходских книгах фиксировали редкие имена. В некоторых говорах имя Калиник произносили с ударением на второй слог — Кали́ник, отсюда и фамилия Калиников. В других диалектах ударение падало на первый, что дало бы Кали́ников, но письменная традиция унифицировала форму.

Сословная принадлежность первых носителей чаще всего крестьянская, но не исключено, что отдельные ветви происходят от священников: имя Калиник было популярно в монашеской и церковной среде. В любом случае, носитель фамилии Калиникова может быть уверен, что его предок носил имя, означавшее «победитель», пусть и в церковной, а не в воинской традиции.