Фамилия Калиникин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Калиникин послужило церковное имя Каллиник. Имя Калиника, вероятно, является производной формой крестильного мужского имени Каллиник, которое происходит от греческих слов: kallos, что в переводе на русский означает «добрый», и nike – «победа». Соответственно целиком имя Каллиник означает «добрый победитель». Согласно другой версии, фамилия Калиникин ведет свое начало от мирского имени Калиника, которое восходит к нарицательному «калина». Давая младенцу такое имя, как Калиника, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное или растение. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Калиника, со временем получил фамилию Калиникин. О точном месте и времени возникновения фамилии Калиникин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Калиникин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.