Фамилия Калиникин — одна из тех, что хранит память о личном имени, которое её породило. И здесь есть два пути, по которым могла пойти история. Первый, самый прямой, ведёт к крестильному мужскому имени Каллиник. Оно пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где сложилось из двух основ: kallos («добрый») и nike («победа»). В итоге Каллиник — это «добрый победитель». Со временем в народном обиходе имя обросло уменьшительными и производными формами, и одна из них — Калиника — стала основой для фамилии.

Вторая версия отталкивается не от церковного календаря, а от мира повседневного. Слово «калина» — исконно славянское название кустарника с горько-красными ягодами. В дохристианской традиции такие «растительные» имена давали детям, чтобы защитить или передать свойства природы: считалось, что ребёнок, названный Калиникой, будет крепким, как куст, и родным для окружающего мира. Фамилия Калиникин могла закрепиться и за потомком человека с таким мирским именем.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Калиникин — это буквально «чей?» — сын Калиники. Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Спор между двумя версиями — церковной и народной — не решается однозначно. Но если смотреть на частотность, то фамилии, восходящие к крестильным именам через уменьшительные формы, встречаются чаще: в ономастике это стандартный путь. Версия с калиной менее вероятна, хотя и не исключена полностью: в северных и центральных губерниях России можно найти фамилии, образованные от названий растений, но обычно они оформляются суффиксом -ов (-ев), а не -ин.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Калиникин сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и шёл в разных слоях общества неравномерно. Скорее всего, фамилия закрепилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища и уменьшительные имена были особенно распространены.