Фамилия Калинникова образована от мужского имени Калинник, которое появилось под влиянием русского слова «калина». Изначально же это каноническое имя Каллиник (от греческого «каллос» — красота и «ника» — победа, то есть «добрый победитель»). В народе греческое «Каллиник» переосмыслили, сблизив с понятным названием кустарника, и стали произносить как Калинник.

Форма Калинникова — женская, в мужском варианте фамилия звучит как Калинников. По модели образования это типичная русская фамилия: к основе имени Калинник добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. То есть Калинников — это сын Калинника, потомок человека, обладающего таким именем. Со временем первоначальное значение «чей?» стерлось, и фамилия закрепилась как наследственная.

Стоит обратить внимание, что в официальных документах и переписях имя Каллиник встречается редко, зато его народная форма Калинник была распространена в крестьянской и мещанской среде. Поэтому носители фамилии Калинниковы (и Калинниковы) — это потомки тех, кого в быту звали не полным церковным именем, а его обиходным вариантом. В некоторых говорах фамилию могли записать и через «а» — Калинников, и через «о» — Калинников, что не меняет её сути, но отражает местные особенности произношения.