Фамилия Калиникина образована от женского имени Калиника, но её корни уходят глубже — к мужскому крестильному имени Каллиник. Это имя греческого происхождения: kallos означает «добрый», а nike — «победа». В сумме получается «добрый победитель». Имя было популярно в среде православных святых, что и обеспечило ему распространение на Руси. От мужского Каллиник через обиходную форму Калиника и появилась фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Калиники» или «дочь Калиники».

Есть и вторая, более спорная версия. Она связывает имя Калиника не с греческим Каллиником, а с русским словом «калина». Согласно этой гипотезе, имя давали как мирское, охранительное: родители надеялись, что ребёнок унаследует от дерева (или кустарника) здоровье, стойкость и красоту. Однако эта версия слабее: имя Калиника в святцах отсутствует, а все документальные записи фамилии тяготеют именно к каноническому Каллинику. Скорее всего, народная этимология просто сблизила созвучные слова.

Фамилия Калиникина — типично русская по модели, с суффиксом -ин, который в северных и центральных губерниях встречался чаще, чем в южных. Встречается она нечасто, но стабильно фиксируется в Поволжье и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. В дореволюционных метрических книгах фамилия писалась двояко: то с двумя «н» в корне (Каллиникин), то с одной — унификация в пользу одного «н» произошла уже в советское время.

Таким образом, Калиникина — фамилия-отчество, восходящая к имени с победной семантикой. Её носители, скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени отца или деда.