Фамилия Калинников — одна из тех, где народная речь переиначила книжное имя на свой лад. В её основе лежит каноническое мужское имя Каллиник (от греческого «каллос» — красота и «нике» — победа, то есть «добрый победитель»). В русском быту это имя быстро обросло просторечными формами: ударение сместилось, а звонкое двойное «лл» упростилось до одного «л». Решающую роль сыграло и созвучие с привычным словом «калина» — так имя Каллиник превратилось в Калинника, более понятное и «родное» для русского уха.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от имени Калинник с помощью суффикса принадлежности -ов. Таким образом, Калинников — это буквально «сын Калинника». В старину так отвечали на вопрос «чей ты?», указывая на отца или главу семьи.

Интересно, что в церковных святцах имя сохраняло исходное написание — Каллиник, и в некоторых семьях фамилия могла писаться через два «л» — Каллиников. Однако под влиянием живой речи и ассоциации с калиной закрепился именно вариант с одним «л» и буквой «и» в корне. Эта фамилия — живой пример того, как народная этимология, пусть и ошибочная с точки зрения книжников, побеждает в языке. Носитель фамилии мог быть потомком человека, которого в документах записывали как Калинник, а в быту, возможно, звали Калиной — по аналогии с деревом или ягодой, что ещё сильнее закрепляло «растительный» облик фамилии.