Фамилия Калинкина — один из тех случаев, когда внешне очевидная связь с растением может оказаться ложной. Самое распространённое объяснение ведёт её не к ягоде калине, а к мужскому имени Каля. Это была обиходная, сокращённая форма полного крестильного имени Каллиник (от греческих kallos — «красота» и nike — «победа», то есть «добрый победитель» или «прекрасный победитель»). В таком случае фамилия образована по стандартной русской модели: от основы Каля с помощью суффикса принадлежности -ин- (чей? — Катин, Калин) и окончания -а. Фамилия Калинкина буквально означает «дочь (или жена) Калинки», где Калинка — уменьшительно-ласкательная форма от того же Каля или напрямую от Каллиник.

Однако существует и вторая версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. Согласно ей, в основе лежит нецерковное, мирское имя Калинка, образованное напрямую от названия кустарника и ягоды. В народной славянской традиции калина была не просто растением, а устойчивым символом девичьей красоты, невинности и любви. Выражения «красная калина — прекрасная девица» или «калина не вызрела — девушка молода» были частью песенного фольклора. Давая ребёнку имя Калинка, родители могли вкладывать в него обережный смысл: они словно вверяли младенца природе, надеясь, что к нему перейдут лучшие качества этого растения. В этом случае фамилия имеет «растительное» происхождение, но не от прозвища, а от охранительного имени.

Какую из версий считать основной? Первая (от Каллиник через Каля) выглядит более надёжной с точки зрения исторической ономастики: она объясняет фамилию через типичный процесс сокращения длинных греческих имён в быту. Вторая версия (от мирского имени Калинка) менее распространена в научных трудах, но имеет право на существование как народная этимология, подкреплённая культурным контекстом. В любом случае, фамилия Калинкина — женская форма, а её носительница в прошлом, скорее всего, была потомком человека, которого в семье или в деревне звали Калей или Калинкой.