Фамилия Калинкин на первый взгляд кажется «ягодной» — калина, калинка. Но это как раз тот случай, когда прозрачная ассоциация уводит в сторону. На самом деле в основе фамилии лежит не название кустарника, а личное имя Каля — сокращённая форма мужского имени Каллиник (в русской народной традиции оно звучало как Калинник). Имя греческого происхождения: от слов kallos («красота») и nike («победа»), так что Каллиник означает «добрый победитель». Получается, что фамилия Калинкин — это не «калиновый», а «Калинников»: потомок человека по имени Каля или Калина.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я. Каля → Калин + ин. Такой способ был распространён в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются особенно часто. Имя Калина (Каля) в XV–XVII веках было вполне употребительным мирским именем, то есть не церковным, а бытовым, и нередко встречается в документах того времени.

Интересно, что народная этимология всё же «переосмыслила» фамилию: многие носители Калинкиных и сейчас уверены, что их предки имели отношение к ягоде или к кустарнику. Но ономастика здесь однозначна: корень не ботанический, а антропонимический. Впрочем, в редких случаях фамилия могла возникнуть и от прозвища Калинка — так могли назвать человека с румяным лицом, «как калина», или же того, кто жил у калиновой рощи. Но это уже вторичные, локальные варианты, а основная линия идёт от имени.

Встречается фамилия Калинкин повсеместно, но особенно часто — в Поволжье и на юге России. В старинных переписях XVII века упоминаются крестьяне и посадские люди Калинкины, например, в Арзамасском и Нижегородском уездах. Фамилия недворянская, не княжеская — типичная крестьянско-мещанская, что не умаляет её возраста: ей не меньше трёхсот лет.