Фамилия Калиньос — редкий случай, когда русская по форме фамилия оказывается почти наверняка не русской по происхождению. Если смотреть на суффикс, то типичная русская модель — это -ов, -ев, -ин. Здесь же окончание -ос, которое для восточнославянских фамилий нетипично. Скорее всего, перед нами фамилия греческого или, реже, молдавского/румынского корня, которая при переходе в русский язык сохранила исходное окончание.

Основа «Калин-» сразу отсылает к калине — кустарнику с красными ягодами. В греческом языке существует фамилия Καληνός (Калинос) или Καλινός, которая может быть образована от личного имени Калина (уменьшительное от Каллиникос — «добрый победитель»). В Молдавии и Румынии фамилия Călinos родственна слову «călin» (калина) и могла означать человека, жившего у калиновой рощи или занимавшегося сбором ягод. В любом случае, географически фамилия Калиньос тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи — Причерноморью, Бессарабии, греческим поселениям в Крыму или на Кубани.

В русском контексте фамилия могла возникнуть при записи греческих или молдавских переселенцев. Фонетически она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Калинос, Калина, Калинкин, но отличается именно редким окончанием, которое не даёт спутать её с массовыми славянскими формами. Если предки носителя фамилии были греками-понтийцами или молдавскими крестьянами, то фамилия могла закрепиться в документах именно в таком виде — с «ь» перед «о» для передачи мягкого произношения.

С точки зрения словообразования, суффикс -ос в русской записи — это прямой перенос иностранного окончания. В самой Греции фамилия Калиньос (Καλινός) могла быть прозвищем от «калина» или от имени Калин, а в Молдавии — топонимическим указанием на место жительства. В любом случае, фамилия эта не массовая, и её носители, скорее всего, имеют корни в среде этнических греков или румын, осевших на юге России в XIX — начале XX века.