Фамилия Калиин — редкая и неочевидная. На первый взгляд её можно принять за вариант более распространённой фамилии Калинин, но разница в суффиксе здесь принципиальна.

Калиин — это «матроним», то есть фамилия, образованная от женского имени. Основа здесь — женское имя Калия, которое в русских говорах было разговорной формой канонического имени Каллиникия (в просторечии — Калина) или женского варианта имени Каллиник. Суффикс -ин в данном случае работает по стандартной модели: «чей?» — Калиин, то есть сын (или потомок) женщины по имени Калия. В крестьянской среде, где мужчины часто уходили на заработки или в рекруты, детей нередко записывали по матери, и такие фамилии на -ин от женских имён встречаются, хотя и нечасто.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах слово «калий» могло означать «глуповатый, несообразительный человек» (ср. «калика» — убогий). Однако суффикс -ин указывает на принадлежность к лицу женского рода, поэтому прозвищная версия от мужского «Калий» дала бы форму Калиев, а не Калиин. Таким образом, матронимическая гипотеза выглядит убедительнее.

Фамилия географически привязана к центральным и северным областям России. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для генеалогии: носители Калиина, скорее всего, имеют общего предка в небольшом регионе, и поиск по писцовым книгам или метрикам может быть результативным. В отличие от массовых фамилий, здесь почти нет риска «зашума» от однофамильцев из разных областей.