Фамилия Калижниковы — один из тех случаев, где корень не лежит на поверхности, а требует лингвистического анализа. В основе фамилии лежит прозвище или профессиональное именование Калижник. Слово это не общеупотребительное, но его можно связать с диалектным «калига» — так в некоторых русских говорах называли кожаную обувь, поршень или лапоть особого плетения. Соответственно, Калижником могли прозвать мастера, который шил такую обувь, или человека, который её носил и тем выделялся. Вторая версия отсылает к слову «калика» (странник, нищий, поющий духовные стихи), но в этом случае ожидалась бы фамилия Каликин или Каличников. Форма Калижников ближе именно к обувному ремеслу.

Суффикс -ов в фамилии Калижников указывает на типичную восточнославянскую модель: так называли по отцу или главе семьи. Калижниковы — буквально «дети Калижника». Такие фамилии на -ов закрепились в среде крестьян и посадских людей в XV–XVII веках, когда ремесленные прозвища переходили в наследственные именования. В отличие от дворянских фамилий, часто образованных от географических названий, эта фамилия держится на конкретном занятии или бытовой черте предка.

Географически фамилия редкая и тяготеет к центральным и южнорусским областям, где были распространены кожевенные и сапожные промыслы. Встречается она и в среде старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные диалектные слова в прозвищах.

Фамилия Калижников — самобытный памятник славянской культуры, но её конкретное происхождение может быть точно установлено только через генеалогическое исследование: запись в ревизских сказках или писцовых книгах укажет, в какой именно волости жил тот самый Калижник, давший начало роду.