Фамилия Кулижниковых происходит от прозвища Кулижник. Его основа — слово «кулига» (или «кулижка»), у которого было несколько значений в русских говорах. Первое — «клин земли, полоса, загон; участок, не вошедший в тягловой надел; ровное место, чистое и безлесное; небольшой покос, стоящий особняком среди пашень или лесу, прогалинка, полянка». В этом случае прозвище давали по месту жительства: человек жил рядом с такой полянкой или чистым полем. Второе значение — «лес, расчищенный, выкорчеванный, выжженный под пожню или пашню». Здесь прозвище указывало на занятие: Кулижником называли того, кто вырубал и выжигал лес под пашню. В северных и центральных губерниях России подсечное земледелие было распространено вплоть до XIX века, так что профессия эта была хорошо знакома крестьянам.

Фамилия Кулижников образована по стандартной модели: к основе Кулижник прибавили патронимический суффикс -ов. Форма множественного числа (Кулижниковы) в русской традиции либо обозначала целый род, либо закрепилась в документах как фамилия семьи. Встречаются и однокоренные фамилии — Кулигин, Кулижкин, Кулижский, но Кулижниковых отличает именно суффикс -ник, который прямо указывает на человека по действию или признаку.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в архангельских, вятских и пермских землях — как раз там, где подсечное земледелие и расчистка леса были основой хозяйства. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли свой говор и прозвища.

Таким образом, Кулижниковы — это потомки крестьян-земледельцев, осваивавших лесные участки под пашню, либо жителей, чей дом стоял на отшибе, на отдельной полянке. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви можно лишь на основании генеалогических исследований, но ядро фамилии — в севернорусском крестьянском быту.