Фамилия Кулижников образована от прозвища Кулижник, а корень уходит в слово «кулига». В русских говорах «кулига» — это не просто полянка, а участок земли с вполне конкретным хозяйственным смыслом: расчищенный и выжженный под пашню лес, клин земли, не вошедший в общий надел, или отдельный покос среди пашни. Прозвище Кулижник могли дать человеку по месту жительства — например, если его дом стоял на такой поляне или у чистого поля. Но есть и другая, не менее вероятная версия: Кулижником называли крестьянина, который занимался подсечным земледелием — вырубал и выжигал лес под новые пашни. Это тяжелая, но необходимая работа, и она четко определяла род занятий человека.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для восточнославянских фамилий: основа «Кулижник» плюс патронимический суффикс -ов. Такой суффикс указывает на принадлежность: Кулижников — сын или потомок Кулижника. Фамилия закрепилась в северных и центральных регионах России, где подсечное земледелие было распространено дольше всего, а слово «кулига» до сих пор встречается в местных говорах. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, форма Кулижников следует продуктивной модели отыменных прозвищ на -ник, что роднит её, например, с фамилиями Мельников или Плотников.

В ономастике иногда спорят, какое из значений слова «кулига» первично для прозвища — географическое или профессиональное. Скорее всего, оба работали параллельно в разных местностях: в одном случае прозвище цеплялось за место, в другом — за занятие. Но именно связь с подсечным земледелием дает более конкретный социальный портрет предка: это был не просто человек с поляны, а крестьянин, осваивавший новые земли под пашню. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к числу «профессиональных», хотя и не выделяет Кулижникова отдельно. В любом случае, фамилия Кулижников — редкий пример, когда прозвище сохранило память о древнем типе хозяйствования, почти исчезнувшем к XIX веку.