Фамилия Кальнинг — редкий для России случай, когда фамилия звучит по-немецки, но имеет славянские корни. Её основа — имя Кальна, которое в старину было уменьшительной формой от православного имени Каллиник (в переводе с греческого «добрый победитель»). В русских говорах имя упростили: Каллиник превратился в Калину, а оттуда — в просторечное Кальна. Суффикс -инг — это уже чисто немецкий способ оформления фамилии: в немецком языке он указывает на принадлежность к роду или местности (сравните с фамилией Ленинг, образованной от имени Леня). Таким образом, Кальнинг — это «потомок Кальны» или «человек из рода Кальна».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с немецким словом Kahl (лысый) или с топонимом Кальнинген (поселение в Восточной Пруссии). Но для немецких фамилий типичнее суффикс -ов (Кальнов) или -ер (Кальнер), а -инг встречается реже и часто указывает на славянскую основу, адаптированную немецкими переселенцами. Скорее всего, предки Кальнингов были выходцами из смешанных русско-немецких районов, например, с Волыни или из Прибалтики, где в XIX веке активно смешивались языки и фамильные модели.

Фамилия встречается в основном на северо-западе России и в Латвии, что подтверждает её прибалтийско-немецкое происхождение. В дореволюционных документах Кальнингов могли записывать как Кальнинги (с окончанием -и) или Кальнингъ (с твёрдым знаком). Носители фамилии, скорее всего, были ремесленниками или мелкими торговцами, а не дворянами — немецкие фамилии на -инг в России редко встречались у высших сословий.