Фамилия Канальцева — женская форма фамилии Канальцев. Её основа — прозвище или нецерковное имя Каналец. В русской ономастике суффикс -ец часто указывает на человека по месту жительства или происхождению: «каналец» — тот, кто живёт у канала, работает на канале или родом из местности, где есть каналы. В доиндустриальной России каналы были редкостью, поэтому фамилия могла закрепиться за жителями конкретных поселений, например, у водных путей в Новгородской или Тверской губерниях, где при Петре I строили Вышневолоцкую и Тихвинскую системы.

Возможна иная версия: прозвище Каналец могли дать человеку невысокого роста или худощавого телосложения — в диалектах «канал» иногда означало «узкий проход», «труба». В этом случае фамилия носила бытовой, описательный характер, как и множество других «геометрических» прозвищ (Жердь, Бревно, Труба).

Фамилия образована по стандартной модели: основа Канальц- + суффикс -ев. Притяжательный суффикс -ев здесь указывает на принадлежность: «чей?» — Канальцев, то есть сын или потомок Канальца. Окончание -а в женской форме — грамматический показатель рода, не меняющий смысла.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и северо-западных регионах России, единичные носители есть на Урале. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется среди дворянских родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение: вероятно, предки Канальцевых были вольными землепашцами или ремесленниками, жившими у воды.