Фамилия Канальин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд она кажется связанной со словом «канал», но это, скорее всего, ложный след. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, а также от названий профессий и предметов. Основа «Каналь-» здесь ключевая.

Самый вероятный вариант — фамилия образована от прозвища Каналья. В русских говорах этим словом, заимствованным из итальянского (canaglia — «сброд», «негодяй»), называли плута, пройдоху или ловкого человека. Прозвище могло быть как ругательным, так и шутливым, ироничным. Тогда Канальин — буквально «сын Канальи» или «потомок того, кого прозвали Канальей». Суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для фамилий центральной и северной России.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «каналья» в значении «канава» или «ров» (искажённое от «канал»). В этом случае прозвище могли дать человеку, жившему у канавы или занимавшемуся рытьём каналов. Однако такое значение встречается реже, и слово «каналья» в значении «пройдоха» было гораздо более употребительным в быту.

Стоит отметить, что фамилия Канальин — штучная, не массовая. В исторических документах она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде однодворцев или крестьян южных губерний, где любили яркие, меткие прозвища. В любом случае, носитель этой фамилии может с уверенностью считать, что его предок был человеком с характером — либо хитрецом, либо тем, кого так дразнили за неуживчивый нрав.