Фамилия Каноба — редкий случай, когда корень почти наверняка не славянский, а тюркский или кавказский. Основа «кан» в тюркских языках означает «кровь», а также входит в состав многих имён и прозвищ (например, Кантемир, Каншау). Вторая часть «оба» может восходить к тюркскому «оба» — «род», «племя», «стойбище». Таким образом, Каноба — сложное слово, которое можно прочитать как «кровный род» или «род Кан». В осетинском языке есть имя Каноба, и фамилия могла образоваться от него с помощью грузинского или русского суффикса -а, характерного для фамилий на Кавказе.

Модель образования здесь нестандартная для великорусских фамилий. Если бы фамилия была русской, её бы оформили суффиксами -ов или -ин: Канобов, Канобин. Но окончание -а указывает на южное, скорее всего, кавказское происхождение. В Грузии и Осетии распространены фамилии с таким финалом: Гугуа, Джобава, Каноба. Вероятно, предок носителя фамилии был выходцем с Северного Кавказа или Закавказья, а сама фамилия закрепилась в русском контексте без переделки на славянский лад.

Вторая гипотеза, менее вероятная, — связь с итальянским словом canova («канова»), означающим «хижина», «шалаш», или с испанским canoba («свод», «навес»). Но для русской ономастики такое заимствование маловероятно без документально подтверждённой миграции итальянцев или испанцев. Тюркская версия убедительнее, потому что на юге России и в Поволжье тюркские корни в фамилиях — не редкость.

Географически фамилия Каноба встречается в России единично, чаще — в Грузии и среди осетин. В метрических книгах XIX века её почти нет, что говорит о позднем появлении в русском пространстве. Сословно предки могли быть крестьянами или казаками, получившими фамилию по прозвищу от старшего в роду. Точных данных об известных носителях нет, но этимология указывает на сильную родовую идентичность: «кровный род» — прозвище, которое давали либо основателю рода, либо человеку, дорожившему родственными связями.