Фамилия Канышенко звучит на редкость прозрачно для украинской модели, но при ближайшем рассмотрении её корень ставит перед исследователем сразу несколько вопросов. Это характерный пример фамилии, образованной по продуктивной восточнославянской схеме с суффиксом -енко, который в украинской ономастике указывает на потомка, сына или ученика («Канышенко» — буквально «маленький Каныш» или «сын Каныша»).

Сложность в том, что основа «Каныш» не имеет однозначного толкования в русском или украинском языках. Самый вероятный источник — тюркские языки, где слово «каныш» (или близкое по звучанию «каныш») могло означать «кровный родственник», «свойственник» или даже «свояк». В казахском, татарском и башкирском языках «ҡаныш» или «каныш» встречается как личное имя, которое переводится как «кровный», «единокровный». Если это так, то прозвище Каныш мог получить человек, которого выделяли по родственной связи или по характеру, а его сыновья стали Канышенками.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с диалектным словом «каныш» — в некоторых говорах так называли вид рыбы или даже небольшой крючок для ловли. Однако эта гипотеза слабая и не находит серьёзной поддержки в ономастических словарях. Также возможно, что основа восходит к крестильному имени Канидий (каноническая форма) или его народной форме Каныш, но таких примеров в исторических документах почти нет.

Географически фамилия Канышенко тяготеет к юго-востоку Украины и югу России, особенно к Донбассу и Запорожью — регионам с сильным тюркским влиянием. В реестре казаков Запорожской Сечи встречаются прозвища тюркского происхождения, и фамилия Канышенко могла возникнуть именно в этой среде. Суффикс -енко окончательно закрепил её за украинской антропонимической традицией.

Таким образом, Канышенко — это фамилия-загадка с почти стёртым тюркским следом. Её носитель, скорее всего, потомок человека, которого в XVI–XVII веках прозвали Канышем за родство с кем-то или за имя, данное при рождении. Сегодня она редкая, но сохранилась именно в тех местах, где когда-то смешивались славянские и степные культуры.