Фамилия Канюгина — женская форма фамилии Канюгин, и её разбор стоит начать с суффикса. Перед нами типичная «-ин»-модель, которая в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Канюгин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Канюга. Такая схема (основа + -ин) характерна для фамилий, образованных от названий лиц, животных или птиц, и часто встречается в северных и центральных русских говорах.

Корень фамилии — «каняг-» или «канюг-». Самое прямое объяснение лежит в диалектном слове «канюга». В рязанских, тамбовских и воронежских говорах так называли клячу, плохую, измождённую лошадь. Прозвище Канюга могли дать человеку за внешнюю худобу, болезненный вид или за то, что он работал как лошадь на износ. Есть и вторая версия: «канюга» — вариант слова «каня» (от «каня» — коршун, хищная птица). В этом случае прозвище могло указывать на хищный нрав, цепкость или, наоборот, на заунывный голос (канючить — от подражания крику канюка). Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «канючить» (надоедливо просить), но это, скорее, народное переосмысление, а не прямой источник.

Географически фамилия Канюгин (и Канюгина) тяготеет к юго-востоку России: она встречается в Воронежской, Саратовской, Волгоградской областях, а также в Мордовии. Это указывает на то, что прозвище бытовало именно в зоне южнорусских говоров, где слово «канюга» было в ходу. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто носили дворяне или духовенство, Канюгины — типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где лошадь была основой хозяйства.

Интересная деталь: в старых переписных книгах XVII века встречаются однокоренные прозвища — Канюк, Канюшко. Фамилия Канюгин могла возникнуть и от них, через патронимическую форму «Канюгин» (сын Канюги). Если сравнить с однокоренными фамилиями (Канюков, Канюшин, Канюшкин), то Канюгина стоит особняком из-за суффикса «-уг-», который придаёт прозвищу оттенок уничижительности или просторечия (сравните: «худюга», «зверюга»). То есть Канюга — это не просто «конь», а именно плохой, заморённый конь, что усиливает прозвищный характер фамилии.

Таким образом, фамилия Канюгина прямо указывает на прозвище предка, которое, скорее всего, было связано либо с его внешним видом (худой, измождённый), либо с профессией (работа с лошадьми), либо с повадками (назойливый, как канюк). Дворянских корней у неё нет, зато есть крепкая привязка к быту и языку южнорусского крестьянства.