Фамилия Калюгина образована от прозвища Калюга. В белорусском, украинском и некоторых русских говорах «калюга» — это мелкое озеро, лужа, наполненная водой яма, а также место, покрытое лужами. Скорее всего, прозвище получил человек, живший в топкой, заболоченной местности. Такая привязка к ландшафту — один из самых частых источников прозвищ в сельской среде.

Менее вероятно, но не исключено, что прозвище Калюга отражало неопрятность или неаккуратность носителя. В ономастике такие параллели встречаются, но для фамилий, образованных от географических терминов, первичным обычно оказывается именно место жительства. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калюгина — «дочь или жена Калюги». Такая модель типична для северных и центральных областей России.

Обратите внимание на чередование в основе: в фамилии корень смягчился (Калюг-ин), хотя исходное слово звучит как «калюга». Это обычное фонетическое явление при присоединении суффикса. Фамилия нередкая для Брянской, Смоленской и приграничных с Беларусью областей — именно там слово «калюга» было в ходу.