Фамилия Капаченя образована от аналогичного прозвища, которое, скорее всего, восходит к белорусскому слову «капач» со значением «заступ, лопата». Согласно этому, вполне вероятно, что основатель рода Капаченя был земледельцем или изготавливал лопаты. Согласно другой версии, прозвище Капаченя восходит к нарицательному «копань»: в тверских, новгородских и псковских говорах так называли колодец. Соответственно, прозвище Капаченя мог получить тот, кто рыл колодцы. Таким образом, прозвище Капаченя относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка. Кроме того, Капаченей могли прозвать медлительного, кропотливого человека (от слова «копошиться»). Суффикс -еня имеет уменьшительное значение, то есть Капаченя — это маленький Капач.