Фамилия Капендюхин — один из тех редких случаев, когда основа слова не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. На слух она кажется иноязычной или диалектной, но словообразовательная модель выдаёт её русское происхождение. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капендюхин — сын Капендюха, то есть прозвище отца было Капендюх.

Самая вероятная версия связывает эту фамилию с диалектным словом «капендюх» или «копендюх». В южнорусских и украинских говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В некоторых областях слово имело оттенок «мешковатый», «нескладный» — возможно, от «копна» (стог сена) или «капа» (куча). Прозвище давали не в обиду, а по внешней особенности — медлительности или грузной фигуре. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии с корнем «копен-» (Копенкин, Копенков) встречаются в документах XVII–XVIII веков, но форма на -дюх встречается реже и явно диалектная.

Менее убедительна гипотеза о тюркском происхождении. Слово «капен» или «капанджи» в некоторых тюркских языках означает «крышка» или «закрывающий», но суффикс -дюх для таких заимствований нетипичен. Скорее всего, это народное переосмысление чужого слова под русскую речь, если только носитель фамилии не был выходцем из тюркоязычной среды, но тогда фамилия выглядела бы иначе (например, Капенов).

Географически фамилия Капендюхин тяготеет к югу России — Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к востоку Украины. Это зона, где говорят на суржике и где активно бытуют слова с суффиксом -юх- (-дюх-). Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, прозвище возникло в одном селе или волости и закрепилось за одной-двумя семьями.

Таким образом, предок носителя фамилии Капендюхин — человек, которого в его окружении прозвали Капендюхом за медлительность или грузность. Фамилия не дворянская и не купеческая; её носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами южных губерний.