Фамилия Капендюхина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Капендюх», почти не встречается в современных источниках, и это как раз тот случай, когда прозвище или имя предка не лежит на поверхности.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «капендюх» или «капендюшка». В говорах русского Севера и Поволжья так называли небольшой мешок, котомку или узелок, который носили за плечами. Слово могло означать и нечто набитое, раздутое — отсюда возможное прозвище полного или неуклюжего человека. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Капендюхин — «сын Капендюха» или «из семьи Капендюха». Форма Капендюхина — женский вариант, закрепившийся в документах.

Менее убедительна, но всё же возможна связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «капен» или «кап» означает мешок, тару, а «дюх» могло быть искажённым окончанием. Однако для фамилий центральной России такая этимология менее характерна, чем чисто русская диалектная основа.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были распространены северные и вятские говоры: Кировская, Вологодская, Архангельская области. Если предки были крестьянами, то прозвище Капендюх могло закрепиться за человеком, который постоянно носил с собой котомку — странником, торговцем или просто запасливым хозяином.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет — это делает Капендюхина уникальной. Встречаются единичные варианты вроде Капендюхов, но они ещё реже. Так что носительница фамилии может быть уверена: её родовая линия почти наверняка ведёт к одному конкретному предку, чьё прозвище было подмечено и записано в документах.