Фамилия Каперис — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами фамилия еврейского происхождения, и первая версия связывает её с немецким словом Kaper (от глагола kapern — «захватывать»). Так в прошлом называли частных лиц, которые с разрешения верховной власти воюющего государства снаряжали за свой счёт судно для захвата купеческих кораблей неприятеля. Вся морская добыча шла в их полную собственность. Такое прозвище могло указывать на род деятельности основателя фамилии — владельца каперского судна или человека, промышлявшего подобным ремеслом.

Вторая гипотеза отсылает к греческому слову kapparis — «каперс». Это род растений, чьи нераспустившиеся почки с древних времен употребляют в пищу. Древние греки активно торговали каперсами, и в этом случае предок обладателя фамилии Каперис мог быть поваром, торговцем или заготовителем этой пряности.

Существует и третья версия, этимологически связывающая прозвище с чешским словом kapr («карп»). Тогда прозвище могло достаться рыбаку. Однако именно первая, «морская» версия выглядит правдоподобнее: слово Kaper в немецком языке имеет долгую историю, а фамилии, образованные от него, встречаются у еврейского населения Восточной Европы.

Написание «Каперис» (с окончанием -ис) характерно для фамилий, которые оформились в среде идиша. В отличие от славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), окончание -ис часто указывает на то, что фамилия была записана по немецкой или балтийской модели. Например, у евреев можно встретить такие фамилии, как Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево») или Квечман («высказываться неохотно»). Каперис стоит в этом же ряду: прозвище, закрепившееся как фамилия, — и никакого добавочного суффикса, только характерное окончание.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Литве, Белоруссии, Польше. Встречается она и в современной Латвии. Известных носителей с этой фамилией, которые оставили бы заметный след в истории, нет — это редкая, непубличная фамилия, что только подтверждает её происхождение от прозвища, а не от названия знатного рода.