Фамилия Каписаров — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с характером и манерой поведения. Её ядро — глагол «капиздить» или «капиздничать», который в русских говорах значил «капризничать», «привередничать», «делать что-то наперекор». Человека, который постоянно выражал недовольство, был неуступчив и требовал особого к себе отношения, в народе могли прозвать Капизой или Каписаром. Суффикс -ар- здесь типичен для имён деятеля (ср. «пономарь», «звонарь»), а -ов- добавился при оформлении фамилии.

Вторую, менее вероятную версию связывают с диалектным словом «капус» — так в некоторых областях называли кочан капусты. Тогда прозвище Капис могло быть шутливым: так дразнили плотного, круглолицего человека или огородника. Однако эта гипотеза слабее: переход «капус» в «капис» фонетически неочевиден, а фамилия Капустин встречается в разы чаще, что указывает на другой путь словообразования.

По модели образования фамилия Каписаров — типично русская, патронимическая по сути, но образованная не от крестильного имени, а от прозвища. Она не встречается в старых боярских списках и родословных книгах, что говорит о её происхождении в крестьянской или мещанской среде, скорее всего, в центральных или северных губерниях России, где диалектные формы на -ар- были распространены.

С точки зрения орфографии интересно, что фамилия могла писаться через «о» (Каписаров) и через «а» (Каписоров) — в документах XIX века такое колебание было обычным из-за акающего произношения. Сегодня закрепился вариант с «о» в суффиксе, но оба написания встречаются в метрических книгах.

Однокоренных фамилий немного: Капизов, Капиздин, Капиздников — все они восходят к тому же глаголу «капиздить». Все они редки и не образуют густой сети, что дополнительно подтверждает локальный, диалектный характер прозвища.