Фамилия Каплюшина образована от прозвища Каплюша. Самая прямая версия связывает его со словом «капля»: так в быту могли называть либо маленького ребёнка, либо невысокого взрослого человека. Прозвище по росту — один из распространённых типов имён-характеристик на Руси, поэтому эта версия выглядит наиболее вероятной.

Существует и альтернативное объяснение. Слово «каплюша» могло быть искажением нарицательного «каплан» — так на Руси изредка называли священников, заимствовав этот термин из древнееврейского языка. Если принять эту гипотезу, то прозвище Каплюша мог получить набожный, религиозный человек. Однако эта версия менее убедительна: слово «каплан» не было широко распространено в русских говорах, а фамилии от него встречаются намного реже, чем от «капли».

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Каплюшина — значит «дочь (или жена) Каплюши». Такая форма характерна для территорий, где фамилии на -ин преобладают, — прежде всего для севера и центра России. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в южных и восточных регионах.

Встречаемость фамилии Каплюшина невысока, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях и не получила широкого распространения за их пределами.