Фамилия Каплюшин — редкий пример того, как прозвище, данное по физической особенности или предмету, закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит слово «капля» или «каплюшка» — уменьшительная форма, обозначающая что-то маленькое, незначительное или, напротив, очень ценное.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Фамилию дали по прозвищу Каплюша — так в старину могли назвать человека маленького роста, худощавого, либо того, кто носил что-то малое, например, крохотный кошель или деталь одежды. В некоторых говорах «каплюшка» означала и серьгу, так что прозвище могло закрепиться за ювелиром или человеком, носившим заметную подвеску.

В отличие от более частотных фамилий на -ов (Каплин, Каплунов), форма на -ин встречается реже и часто имеет северное или сибирское происхождение. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Каплюшка в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где в говорах активно употребляли уменьшительные суффиксы. Позднее фамилия расселилась на Урал и в Сибирь, где её фиксируют в метрических книгах XIX века.

Спорных версий у этой фамилии почти нет: корень прозрачен. Иногда пытаются связать её с украинским «каплун» (кастрированный петух), но это маловероятно: суффикс -юш- и окончание -ин нехарактерны для южнорусских фамилий, а звуковой переход «каплун → каплюшин» не подтверждается источниками.

Таким образом, Каплюшин — фамилия, рождённая не от имени или профессии, а от бытового прозвища, которое в XVI–XVII веках давали человеку с заметной чертой: малым ростом, худобой или любовью к украшениям.