Фамилия Каплюгин — хороший пример того, как простое прозвище, данное по внешности или привычке, превратилось в устойчивую фамилию. В основе лежит слово «каплюга» — так в старых русских говорах называли каплю, а также нечто маленькое, крошечное или человека низкого роста. Скорее всего, прозвище Каплюга дали невысокому, щуплому человеку — образно, как «капельку». Реже так могли назвать плаксу или нытика, но эта версия менее вероятна, потому что прозвища по росту встречались гораздо чаще.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каплюгин — это «сын Каплюги» или «человек из семьи Каплюги». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я. В южных регионах та же основа дала бы форму Каплюгов (с суффиксом -ов). Таким образом, география фамилии сужается: скорее всего, её корни — в бывших Новгородской, Псковской, Владимирской или соседних губерниях.

Интересно, что фамилия редкая и не попала в массовые дворянские родословные, а значит, её носители в большинстве своём происходят из крестьян или посадских людей. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян с прозвищем Каплюга, но в фамилию оно оформилось уже позже, когда после отмены крепостного права бывшим крепостным массово давали фамилии по прозвищам.

Сравнение с однокоренными Каплин, Каплунов (от «каплун» — холощёный петух) показывает разницу: Каплюгин стоит особняком, потому что в его основе не птица и не предмет, а именно уменьшительная форма от «капля». Это делает фамилию не столько «ремесленной», сколько «характерологической» — она описывает человека, а не его занятие.