Фамилия Каплюкова образована от прозвища Каплюк, и её основа, скорее всего, связана со словом «капля». В русских говорах «каплюком» могли называть человека маленького роста, тщедушного или, напротив, того, кто постоянно «капает» на нервы — надоедливого, плаксивого. Есть и более прозаичная версия: в некоторых регионах «каплюком» именовали торговца вразнос, который торговал мелкими товарами, буквально «по капле», или же человека, собиравшего росу и дождевую воду для хозяйственных нужд.

Суффикс -юк в основе фамилии характерен для южнорусских и украинских земель. Он часто указывал на принадлежность к роду или на характерный признак. В данном случае Каплюк — это человек, которого прозвали за внешность или поведение. Сама фамилия Каплюкова — женская форма от Каплюков, а мужской вариант, Каплюков, образован по стандартной модели: притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, отвечающее на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Каплюка.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Каплин, Каплинский или Каплиев, показывает, что корень «капл-» в фамильном прозвище не редкость, но форма «Каплюк» встречается значительно реже. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) упоминаются варианты на -юк как типичные для западнорусских территорий, что может указывать на возможное происхождение рода из Смоленской, Брянской областей или с Украины.

В современной России фамилия Каплюкова не принадлежит к числу распространённых, но встречается в разных регионах, что говорит о её относительно позднем закреплении в качестве наследственной. Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована документально, но прозвищный характер фамилии позволяет предположить, что предки были из крестьян или посадских людей — прозвища в этих средах давали особенно часто.