Фамилия Каклюгин образована от прозвища Каклюга по распространённой русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Каклюгин буквально значит «сын Каклюги» или «человек из рода Каклюги». Само прозвище не имеет очевидной славянской этимологии, и его корни, скорее всего, лежат в языках соседних народов.

Наиболее вероятная версия связывает Каклюгу с чувашским словом «каклишка» — «костыль, клюка». В этом случае прозвище могли дать хромому человеку, который ходил с опорой. Менее убедительна, но тоже возможна версия от эстонского kakleja — «дебошир, драчун»: тогда прозвище отражало бы вспыльчивый характер основателя рода. Выбор между этими гипотезами зависит от того, в какой местности фамилия закрепилась впервые — в чувашском или прибалтийском регионе. Точных данных по географии бытования фамилии Каклюгин в открытых источниках нет, но обе версии указывают на её нерусское происхождение: основой послужало не имя, а прозвище, данное по заметной внешней или поведенческой черте.