Фамилия Коклюгин образована по русской модели от прозвища или нецерковного имени Коклюга. Основа здесь — слово «коклюга», которое в диалектах русского языка означало «коклюшка», то есть палочка для плетения кружев. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, занимался кружевным промыслом — либо сам плел, либо торговал кружевами. В некоторых говорах «коклюгой» называли также неуклюжего, неповоротливого человека — по ассоциации с тугой, негнущейся палочкой. Какая из версий верна для конкретного рода, без генеалогических изысканий не определить, но ремесленная версия выглядит более правдоподобной: прозвища по профессии давали чаще, чем по случайной внешней черте.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коклюгин буквально значит «сын Коклюги». Это типичная модель для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от названий ремесленных инструментов отнесены к числу профессиональных.

Фамилия редкая и имеет четкую географическую привязку. Основной ареал — северные и центральные области России, особенно Вологодская и Архангельская губернии, где кружевной промысел был развит веками. Вологодское кружево — бренд, и фамилия Коклюгин могла возникнуть именно в среде кружевниц и мастеров. Встречается фамилия и в Поволжье, но значительно реже.

Интересно, что однокоренные фамилии — Коклюшкин, Коклюшев — тоже редки, но Коклюгин стоит особняком из-за суффикса -уг-. Этот суффикс в русских прозвищах иногда придавал слову уменьшительно-пренебрежительный оттенок, но в случае с «коклюгой» он, скорее, просто адаптировал заимствованное слово под народную речь. Никаких известных дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается данными переписей XIX века.

Таким образом, предки Коклюгиных с высокой вероятностью были связаны с кружевным ремеслом на Русском Севере. Фамилия сохранила в себе название инструмента, который кормил многие поколения.