Фамилия Коклюковы образована по распространённой модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Коклюков, то есть потомок человека по прозвищу или имени Коклюк. Основа фамилии — слово «коклюк». В разных говорах у него несколько значений, и каждое проливает свет на возможные занятия или черты предка.

Самое вероятное объяснение связано с ремеслом. Коклюшками называют деревянные палочки с утолщением на конце для плетения кружев. Мастера, работавшего с ними, могли прозвать Коклюком. В таком случае предок носителей фамилии был кружевником — ремесленником, чей труд ценился в славянских сёлах и городах. Это одна из версий, которая опирается на прямую связь прозвища с орудием труда, а не с внешностью или характером.

Вторая версия — диалектная. В некоторых областях «коклюкой» называли клюку, палку с загнутым концом, или даже согнутого, сутулого человека. Прозвище Коклюк могли дать тому, кто ходил с клюкой или отличался особой походкой. Третья, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с птицей: в южнорусских говорах «коклюк» — это глухарь. Прозвище мог получить охотник или человек с глуховатым голосом.

Фамилия Коклюков — самобытный памятник славянской культуры. Именования, построенные по той же модели (основа-прозвище плюс суффикс -ов), широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Безусловно, процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Коклюков можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований с привлечением архивных записей и писцовых книг. Однако уже сейчас ясно: фамилия хранит память о прозвище, которое, скорее всего, описывало род занятий предка — мастера кружевного дела.