Фамилия Коклина образована от прозвища Кокля, и её происхождение связано с двумя основными версиями. Первая отсылает к слову «кокле» — латышскому музыкальному инструменту, напоминающему гусли. В таком случае Коклей могли прозвать гусляра или музыканта, игравшего на этом инструменте. Эта версия особенно интересна, если учесть, что фамилия встречается в регионах, граничащих с Прибалтикой, например в Псковской и Новгородской областях, где культурное влияние латышей и ливов было заметным.

Вторая гипотеза выводит прозвище Кокля из уменьшительной формы слова «коклюшник» — так в некоторых говорах называли человека, занимавшегося изготовлением коклюшек (деревянных палочек для плетения кружев). Коклюшник был ремесленником, чей труд ценился в крестьянском и купеческом быту. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо музыкантом, либо мастером-кружевником.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Коклин, то есть сын или потомок Кокли. Женская форма Коклина закрепилась в документах как вариант от мужской фамилии Коклин, но в быту могла передаваться и по материнской линии.

В словарях русских фамилий (например, в работах Б. Унбегауна) модель на -ин считается одной из самых распространённых в северных и центральных губерниях. Это косвенно подтверждает, что фамилия Коклина могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища часто заменяли официальные имена. Отдельного дворянского рода с такой фамилией не зафиксировано, что говорит о её простонародном происхождении.

Любопытно, что корень «кокл-» встречается и в других славянских фамилиях: Коклов, Кокляев, Коклинский. Однако Коклина отличается именно суффиксом -ин, который в некоторых случаях мог указывать на прозвище, данное по характерной черте или занятию, а не по имени отца.