Фамилия Карачкина — женская форма от Карачкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Карачка. Основа здесь — глагол «карачить» или «карачкать», что в русских говорах означало «ползти на четвереньках», «пятиться задом», «идти с трудом, согнувшись». Человек мог получить такое прозвище за характерную походку, манеру двигаться или за работу, связанную с низкими поклонами и ползанием — например, в крестьянском быту так могли называть того, кто лазил под телегой или в узких местах.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Карачкин — сын Карачки. Это отчество второго порядка, которое закрепилось как фамильное имя. Интересно, что в некоторых диалектах «карачка» — это ещё и название насекомого, похожего на сороконожку, или даже бранное слово для неповоротливого человека. Поэтому не исключено, что прозвище могло иметь ироничный или уничижительный оттенок.

Географически фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и северным областям России — там, где были живы диалектные глаголы «карачить» и «карачки». Встречаются варианты написания с одной «ч» (Каракина), но это скорее результат упрощения при записи или ошибки писаря. Сравните с однокоренными фамилиями: Карачев, Карачков, Карачун — все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами.

В дореволюционных переписях Карачкины чаще всего числились крестьянами или мещанами, реже — однодворцами. Фамилия не аристократическая, а народная, и её носители, скорее всего, были простыми людьми, чья жизнь была полна физического труда. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её корневую связь с бытом и ремеслом.