Фамилия Карагагетс — редкий случай, когда русское по форме окончание сочетается с основой, явно не славянского происхождения. В ней сразу бросается в глаза суффикс -етс, который в русской ономастике почти не встречается. Скорее всего, перед нами латышская или, шире, балтийская фамилия, русифицированная на письме: в латышском языке распространены фамилии на -ets, -ēts, которые при записи в российских документах могли получить окончание -ец или -етс. В самой Латвии фамилия могла выглядеть как Karagāgets или Karagājs.

Основа Карага- — наиболее вероятно, тюркская. «Кара» по-тюркски значит «чёрный», «тёмный», а «га» может быть частью сложного слова или искажением от «гай» (долина, лес) или «гак» (нога, ветвь). В тюркских языках «карагач» — это вид вяза (чёрное дерево), «карагай» — сосна (в казахском и татарском). То есть фамилия могла означать «чёрный лес», «тёмное дерево» или прозвище человека со смуглой внешностью. Однако носитель фамилии, судя по суффиксу, жил в балтийском регионе, где тюркские корни — редкость. Возможно, предок был выходцем из татарских или кавказских семей, осевших в Курляндии или Лифляндии в XVIII–XIX веках, и его фамилию адаптировали под местное произношение.

Другая версия — фамилия искусственная, образованная от названия населённого пункта. В Латвии есть хутор Карагас (Karaga) и несколько топонимов с корнем Karag-. В таком случае Карагагетс — это «карагаский», то есть выходец из Карагаса. Суффикс -етс в балтийских фамилиях часто указывает на происхождение из определённой местности, аналогично русскому -ский. Но без точных архивных записей сложно сказать, какой вариант верен.

Поскольку фамилия крайне редкая и не встречается в массовых базах данных, её носители, скорее всего, происходят из небольшого круга семей, возможно, из Латвии или пограничных с ней районов Псковской губернии. Сословная принадлежность неясна: среди латышских крестьян фамилии массово закреплялись в XIX веке, но тюркская основа намекает на возможное дворянское или казачье происхождение (например, у каракалпаков или ногайцев). Однако это лишь догадка.